在饱受战争蹂躏的非洲乡村，一名美国士兵和一名法国医生，在外星人的袭击中幸存下来。当他们在战场上寻找避难所时，士兵却忘记了他的真实身份，他们组成联合小队，这是人类应对外星人毁灭性入侵的最后一战。

本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说…于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。

孤儿阿飞传说自小由鱼群抚养长大，因此身手不凡。不过阿飞却对功名不感兴趣，在渔村过着逍遥自在的生活。一次偶然机会，阿飞结识了前朝遗民燕十三，两日成立莫逆之交。为了帮助燕十三与兰陵国君一起从十四太子手中夺回王位，阿飞前往兰陵国救出了兰陵国君及其女月牙儿。阿飞与月牙儿在逃亡过程中互生情愫，但月牙儿早已与燕十三订下婚约，阿飞只能黯然离开了他们。趁阿飞离开，十四太子调遣部队包围了燕十三他们，情况危在旦夕。

　　为了追查父亲遇害之谜，警视厅搜查一课女刑警雪平夏见（筱原涼子 饰）在过去这些年里从未停止寻找真相的脚步。而在这一过程中，凶险接踵而至，她距离关系着国家黑幕的核心秘密也越来越近。某天，曾与之协作办案